Antibiotici ne uništavaju samo patogene zbog kojih smo se razboljeli, već sputavaju rast korisnih bakterija u crijevima.
To pak olakšava drugim patogenima da napadnu naš sistem, što dovodi do neželjenih dejstava kao što su nadimanje, mučnina, gubitak apetita, povraćanje i dijareja. U tim slučajevima probiotici mogu da se uzimaju zajedno sa propisanim antibioticima – u idealnoj situaciji, dva do tri sata prije ili poslije uzimanja propisane doze antibiotika. Živi mikrobi kao što su Limosilactobacillus reuteri Protectis u proizvodima BioGaia mogu da pomognu da se nadoknade izgubljene bakterije.